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一、总分机构汇总纳税企业哪些机构就地分摊缴纳企业所得税?哪些机构不就地分摊缴纳企业所得税?(一)就地分摊缴纳企业所得税的机构。《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号）第四条规定：总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。二级分支机构，是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照(登记证书)，且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。总机构设立具有主体生产经营职能的部门(非办法第四条规定的二级分支机构)，且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构，按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税;该部门与管理职能部门的营业收入、职工薪酬和资产总额不能分开核算的，该部门不得视同一个二级分支机构，不得按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。（二）不就地分摊缴纳企业所得税的机构。以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：(1)不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。(2)上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。(3)新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。(4)当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。(5)汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
二、跨省总分机构汇总纳税企业总分机构如何计算分摊税款?计算分摊税款的比例是否调整?汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。具体的税款缴库或退库程序按照财预[2012]40号文件第五条等相关规定执行。总机构按以下公式计算分摊税款：总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除当年撤销的二级分支机构和重组、合并、分立等情形外，当年不作调整。
三、省内跨市的总分机构汇总纳税企业总分机构如何计算分摊税款?对于省内跨市的总分机构预缴所得税及汇算清缴所得税，需要根据各省税局相关规定执行。以山东省为例，总机构、分支机构分摊税款=统一计算的企业当期应纳所得税额×总机构或该分支机构分摊比例；总机构或某分支机构分摊比例=（该机构营业收入/总分机构营业收入之和）×0.35＋（该机构职工薪酬/总分机构职工薪酬之和）×0.35＋（该机构资产总额/总分机构资产总额之和）×0.3。特别注意的是与跨省总分机构预缴所得税及汇算清缴所得税政策不同的是，省内跨市总分机构分支机构分摊税款的基数是企业当期应纳所得税额，跨省总分机构分支机构分摊税款的基数是企业当期应纳所得税额*50%。以河南省为例，国家税务总局河南省税务局公告2021年7号规定：省内跨市经营汇总纳税企业按照规定预缴和汇算清缴应缴应退税款，25%由总机构分摊缴纳，75%在二级分支机构间分摊。
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