A公司认为，根据《科学技术部关于印发〈技术合同认定规则〉的通知》（国科发政字〔2001〕253号），其附件《技术合同认定规则》第二十三条明确，技术改造项目和信息技术的研究开发项目，对应的合同属于技术开发合同。其中，信息技术研究开发项目包括语言系统、过程控制、管理工程、特定专家系统、计算机辅助设计、计算机集成制造系统等，但不包括软件复制和无原创性的程序编制。其向B公司提供的管理系统升级改造、监测系统开发服务，属技术开发的范畴。

依据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条的规定，纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务，免征增值税。试点纳税人申请免征增值税时，须持技术转让、开发的书面合同，到纳税人所在地省级科技主管部门进行认定，并持有关的书面合同和科技主管部门审核意见证明文件，报主管税务机关备查。由于上述合同已在省科技厅进行了技术合同认定登记，其收入应免征增值税。

要判断A公司的这笔收入是否免征增值税，不能仅看服务合同是否已经在科技部门备案登记，首先需要判断A公司为B公司提供的服务是技术开发服务，还是软件服务。只有技术开发服务，才符合免征增值税政策的规定，否则，应计算缴纳增值税。

从业务实质上分析，A公司提供的服务，应属于软件服务的范畴。财税〔2016〕36号文件附件1《销售服务、无形资产、不动产注释》明确规定，研发服务，也称技术开发服务，是指就新技术、新产品、新工艺或者新材料及其系统进行研究与试验开发的业务活动。而软件服务是指提供软件开发服务、软件维护服务、软件测试服务的业务活动。从业务实质上看，A公司向B公司提供的管理系统升级改造和监测系统开发服务，不是新技术及其系统的研究开发，而是软件的升级改造和开发服务，不属于研发服务，而应该是软件服务。

相应收入免税与否，应以税收政策规定为依据。虽然该合同已经在省级科技部门认定为技术合同，但按《销售服务、无形资产、不动产注释》规定，A公司提供的服务属于软件服务，不能免税。同时，虽然A公司的相关减免税资料已报主管税务机关备查，但是否符合免税条件由纳税人自行判别、风险自担，税务机关通常采用诚信推定原则，只进行资料的完整性审查，事后发现不符合减免税条件的，税务机关仍有权追征税款。

最终，经税务人员宣传辅导，A公司主动补缴了税款。