企业销售货物，合同注明了货款和运输费，但实际上运输费由第三方运输公司开具发票给购买方，货物销售方不收取代办费用，货物销售方的应征增值税销售额是否包含运输费用？

福建税务答：根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》(财政部 国家税务总局第50号令)第十二条规定：“条例第六条第一款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。但下列项目不包括在内：

……

(二)同时符合以下条件的代垫运输费用：

1.承运部门的运输费用发票开具给购买方的;

2.纳税人将该项发票转交给购买方的。

……”

因此，上述情况下，货物销售方的应征增值税销售额不包含运输费用。

销售免税货物并提供运输的混合销售增值税如何计税？

深圳税务：根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1第四十条规定：“一项销售行为如果既涉及服务又涉及货物，为混合销售。从事货物的生产、批发或者零售的单位和个体工商户的混合销售行为，按照销售货物缴纳增值税；其他单位和个体工商户的混合销售行为，按照销售服务缴纳增值税。

本条所称从事货物的生产、批发或者零售的单位和个体工商户，包括以从事货物的生产、批发或者零售为主，并兼营销售服务的单位和个体工商户在内。”

因此，以从事货物的生产、批发或者零售为主，在销售货物同时提供运输服务，应按照销售货物缴纳增值税。由于销售货物是免征增值税，因此混合销售中的运输服务也跟随免征增值税。

企业支付自然人运费，是否需要企业扣缴个人所得税？

不需要。《国家税务总局关于落实支持小型微利企业和个体工商户发展所得税优惠政策有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第8号）第三条规定，对个体工商户、个人独资企业、合伙企业和个人，代开货物运输业增值税发票时，不再预征个人所得税。个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业个人合伙人和其他从事货物运输经营活动的个人，应依法自行申报缴纳经营所得个人所得税。