本文旨在对现有股权架构下不同投资主体在不同阶段的税负进行分析，所指公司仅指《公司法》规定的有限责任公司，不含股份有限公司。

一、公司股东常见的主体形式

有限责任公司的股东可以是自然人、法人或非法人组织，常见的股东主体形式为自然人、有限公司和合伙企业（下文如无特殊说明，均含个人独资企业）。由于本文不考虑控制权问题，为便于理解，故本文以公司如下股东结构为例进行分析。

（一）股东均为自然人

根据央广网2022年6月14日报道，截至2021年末，全国企业的数量达到4842万户，其中99%以上都是中小企业。[4]而在这些诸多企业中，绝大部分股东身份为自然人。翻开中国A股上市公司的招股说明书，很多公司在上市前也多是自然人股东直接持股拟上市公司，如常青股份（603768）、曲美家居（601700）、松发股份（603268）等，出现这样结果的原因通常分为两种情况：一是创业者有创业需求，在决定设立公司时未作过多考虑，以两个甚至多个投资者为股东进行工商登记，从而形成自然人直接持股的情形，这种公司设立时更多的考虑是对公司的控制权，股权比例以51%、49%或67%、33%居多；另一种情形是公司设立之初就有上市考虑，就是想利用自然人直接出售股票免征个人所得税的优惠政策。[5]由于本文仅考虑有限责任公司，故后续对于自然人持股的第二种情形，本文暂不做分析。

（二）股东为有限责任公司

《公司法》第三条第一款：“公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。”选择用有限责任公司作为投资主体成为目标公司的股东，一方面是出于税收角度考虑，该税收优惠政策将在后文中详述。另一方面，就是利用有限责任公司的有限责任。在2014年《公司法》修改时，将注册资本实缴登记制改为认缴登记制，不再要求提供验资报告等，主要出发点是为了让公司设立更为便捷，成本更为低廉，有利于大众更好创业。虽然作为股东的有限责任公司，通过股权穿透，最终投资主体依然是自然人，但是投资者可以用更小的投资成本，通过多层设立有限责任公司的方式最终持有目标公司股权，自然人股东可以以较低的认缴出资成本持有目标公司股权，在目标公司发生债权债务纠纷时，可以使用有限责任公司的有限责任保护最终投资者，达到以小博大的效果。

（三）股东为合伙企业

2007年6月1日修改生效的《合伙企业法》较修改前最大的变化之处在于，规定了一种新的组织体—有限合伙企业。[6]有限合伙企业与普通合伙企业的不同之处在于：除了“普通合伙人”（GP）之外，合伙人中还包括“有限合伙人”（LP）。普通合伙人对合伙企业债务承担无限连责任，有限合伙人则对合伙企业债务承担有限责任。有限合伙企业另一个优势在于，无论是利益分配还是合伙人的权力分配，都可以在合伙协议中自由约定。该法生效后，被大量使用于公司的股权激励，投资者为了激发核心员工的工作潜能，同时又不想公司的控制权被削弱，有限合伙企业恰好可以实现企业家心中理想的“钱权分离”。由投资者成立有限合伙企业并担任GP,被激励员工作为LP，并以该有限合伙企业作为目标公司股东，GP控制有限合伙企业，享有合伙企业决议的全部表决权；LP不享有表决权，仅享受合伙企业对外投资的财产收益权，即只分“钱”、不分“权”。这样的股权激励方式，既让投资者“权力”不流失，也让被激励对象享受目标公司发展带来的更多红利，很快成为股权激励平台的首选模式。

例：（转自股权律师段海宇）

马云是蚂蚁金服的实际控制人，那么，马云是怎么控制蚂蚁金服的呢？现在就让我们解剖一下蚂蚁金服的股权架构。

从蚂蚁金服的股权架构可见，我们发现马云首先注册了一家注册资本1010万元的“云铂公司”，马云是其唯一股东，然后以云铂公司做GP，其他阿里系高管做LP控制了君瀚、君澳两家有限合伙企业。然后通过有限合伙企业作为蚂蚁金服的股东，控制蚂蚁金服。

马云之所以能够通过区区1010万元控制上万亿的蚂蚁金服，这是因为，有限合伙架构可以实现钱权分离，GP出资很少，但可在合伙协议中约定享受全部话语权；LP虽然没有话语权，但未来可享受投资收益财产权。马云就是通过控制云铂公司→云铂公司控制君瀚、君澳→君瀚、君澳控制蚂蚁金服，轻轻松松用1010万元资金，就撬动起一个万亿市值的金融帝国。

不过，值得注意的是，马云并没有直接成为两家合伙企业的普通合伙人（GP），而是先注册成立了云铂公司，让云铂公司成为普通合伙人（GP）。如此折腾为哪般？原因可能有二：

第一，风险隔离。按《合伙企业法》的规定，普通合伙人要对合伙企业的债务承担无限连带责任。马云设置了云铂公司作为GP，如此，两个合伙企业的债务均由云铂公司承担无限连带责任，在云铂公司，马云作为股东只需要在出资范围内承担有限责任，因此，云铂公司好似一道防火墙，隔离了马云对君瀚合伙和君澳合伙的连带责任。

第二，调整灵活。如果马云作为有限合伙企业的GP，则不能再作为有限合伙企业的LP。但通过云铂公司做GP，马云既可以行使GP的权力，又可以再做合伙企业的LP。除此之外，如果未来更换GP，也不必修改君瀚合伙和君澳合伙的合伙协议，仅在云铂公司层面更换股东即可。

那么，为什么马云要设立两个合伙企业君瀚和君澳呢？如果对蚂蚁金服股权结构继续追踪就会发现，云铂公司做GP的合伙企业可不止君瀚和君澳两个，还有君洁合伙、君济合伙。

二、不同投资主体出资阶段的税负分析

《公司法》第二十七条第一款：“【出资方式】股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。”第二款：“对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定。”从上述规定不难看出，股东出资除货币外，还包括实物、无形资产等可以依法转让的其他财产。无论是哪种投资主体作为股东，在保证资金来源合法的前提下，以货币方式出资的，除印花税外均没有税收负担；以财产形式出资的（以下统称为“非货币性资产”），涉及先转让再投资两个过程，需要对资产出资时的税负进行分析。

（一）增值税税负

财税〔2016〕36号《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》第一条，在中华人民共和国境内（以下称境内）销售服务、无形资产或者不动产（以下称应税行为）的单位和个人，为增值税纳税人，应当按照本办法缴纳增值税，不缴纳营业税。[7]无论股东身份为自然人、合伙企业还是有限公司，在用非货币性资产对外投资时，转让环节属于增值税的征税范围，均要按照规定缴纳增值税。但同时需要注意到，用非货币性资产投资，是股东将自己的资产投资成立新公司，并没有真正出售并取得对价的过程，所以为了鼓励大家创业发展，国家关于非货币性资产投资时的增值税出台了相应优惠政策：

第一个优惠政策，国家税务总局公告2011年第13号，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。[8]

第二个优惠政策，财税〔2016〕36号《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条（二）不征收增值税项目：“5.在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，其中涉及的不动产、土地使用权转让行为。”[9]

第三个优惠政策，财税〔2016〕36号《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一项，下列项目免征增值税：“（二十六）纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务。上面三个优惠政策文件，投资人在进行投资时，可以适用不征税或免税政策，可以减轻投资人在投资阶段的增值税负担。”

（二）所得税税负分析

《企业所得税法实施条例》第十二条第二款：“企业所得税法第六条所称企业取得收入的非货币形式，包括固定资产、生物资产、无形资产、股权投资、存货、不准备持有至到期的债券投资、劳务以及有关权益等。”[10]财税〔2015〕41号第五条：“ 本通知所称非货币性资产，是指现金、银行存款等货币性资产以外的资产，包括股权、不动产、技术发明成果以及其他形式的非货币性资产。”[11]

以非货币性资产进行投资应当如何处理？《企业所得税法实施条例》第二十五条：“企业发生非货币性资产交换，以及将货物、财产、劳务用于捐赠、偿债、赞助、集资、广告、样品、职工福利或者利润分配等用途的，应当视同销售货物、转让财产或者提供劳务。”财税〔2015〕41号第一条：“ 个人以非货币性资产投资，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生。对个人转让非货币性资产的所得，应按照“财产转让所得”项目，依法计算缴纳个人所得税。”无论是公司还是自然人，以非货币性资产对外投资取得股权，均要视同销售计算缴纳所得税。

在非货币性投资阶段，两类主体均有相对应的税收优惠政策可以适用。财税〔2014〕116号第一条：“一、 居民企业（以下简称企业）以非货币性资产对外投资确认的非货币性资产转让所得，可在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，按规定计算缴纳企业所得税。”[12]财税〔2015〕41号第三条：“ 个人应在发生上述应税行为的次月15日内向主管税务机关申报纳税。纳税人一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生上述应税行为之日起不超过5个公历年度内（含）分期缴纳个人所得税。”对企业而言，非货币性资产投资，可以适用“均分五年”缴纳企业所得税的税收优惠政策；对自然人而言，可以适用“五年分期”缴纳个人所得税。但从目前税收文件看，尚无关于合伙企业以非货币性资产投资相关的税收优惠政策出台。

（三）其他一些需要了解的税收优惠政策

无论是对公司（包括合伙企业）还是自然人而言，对非货币性资产的规定虽略有不同，但作为最常见的房产所有权、土地使用权，均属于非货币性资产。而该两项资产在转让时会有土地增值税和契税的征税规定，尤其是房产价值，会随着时间的推移，出现大幅升值现象，如果在投资阶段就征收土地增值税，对投资者而言，将会是非常大的税收负担。近期，国家税务总局相继出台了关于房产、土地投资的税收优惠政策，值得投资者关注：财政部、税务总局公告2021年第21号第四条：“单位、个人在改制重组时以房地产作价入股进行投资，对其将房地产转移、变更到被投资的企业，暂不征土地增值税。”[13]财政部、税务总局公告2021年第17号第六条资产划转，第二款：“同一投资主体内部所属企业之间土地、房屋权属的划转，包括母公司与其全资子公司之间，同一公司所属全资子公司之间，同一自然人与其设立的个人独资企业、一人有限公司之间土地、房屋权属的划转，免征契税。”第三款：“母公司以土地、房屋权属向其全资子公司增资，视同划转，免征契税。”[14]

三、不同投资主体经营中的税负差异分析

投资者在设立公司时，通常需要考虑的因素较多，首先是控制权设计的考虑，是51%相对控股还是67%的绝对控股，这是股东最初博弈的结果；其次是投资主体的确定，是以自然人、合伙企业还是有限公司作为股东，该种设计多半是从公司稳定性或税收角度进行了思考；第三，有些身份敏感人员会通过股权代持方式简接持有目标公司股权，以达到参与投资的目的。上述几种情况，一旦投资主体确定，也即股权架构确定后，在公司经营甚至在股权转让过程中，不同投资主体将会有不同的税负差异。

（一）股权持有期间分红的税负差异

自然人直接进行工商注册登记，成为有限公司的股东，在我国公司股权架构中十分常见。为便于对未分配利润进行计算，本节的企业所得税均按照25%的税率缴纳（暂不考虑小微企业、高新技术企业、特殊地区等有企业所得税税率优惠的情形）。《个人所得税法》第三条，个人所得税的税率：（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。[15]也即企业要将当年的利润中的25%缴纳企业所得税，再将剩余未分配利润按照20%税率代扣代缴个人所得税后分配给自然人股东，自然人股东取得分红的整体税负为40%。

虽然通过股权穿透，作为股东的有限公司的最终投资人也是自然人，但此时对于有多种经营业务类型的自然人股东而言，以有限公司作为目标公司股东，更有利于资金的灵活应用。《企业所得税法》第二十六条，企业的下列收入为免税收入：（二）符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益。[16]也就是说，作为股东的有限公司（须为居民企业）从目标公司取得的分红，是免税收入，可以利用分红款进行再投资。若自然人股东取得分红后再投资，在取得分红的时候是需要先缴纳20%的个人所得税，对于有再投资需求的自然人股东而言，显然以有限公司作为目标公司股东的税负更低。

财税〔2008〕159号第三条，具体应纳税所得额的计算按照财税〔2000〕91号及财税〔2008〕65号的有关规定执行。[17]财税〔2000〕91号第五条，个人独资企业的投资者以全部生产经营所得为应纳税所得额；合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。[18]国税函〔2001〕84号第二条，关于合伙企业对外投资分回利息、股息、红利的征税问题：以合伙企业名义对外投资分回利息或者股利、红利的，应按 《通知》所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股利、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。[19]从上述三个文件可以看出，虽然以合伙企业名义投资目标取得分红，也是按照“利息、股息、红利所得”的20%缴纳个人所得税，看上去对合伙企业的合伙人税负相同，但是合伙企业可以按照合伙协议对分红的具体分配比例进行约定，有利于满足不同合伙人对分红比例的不同要求。

（二）股权转让时的税负差异

无论是何种形式的投资主体，其在转让目标公司股权时，均不是增值税的征税范围，不征收增值税。

《企业所得税法实施条例》第十六条，企业所得税法第六条第（三）项所称转让财产收入，是指企业转让固定资产、生物资产、无形资产、股权、债权等财产取得的收入。也即有限公司转让所持有目标公司股权应当作为转让财产收入，并入企业的收入总额，计算缴纳企业所得税。但税法对企业转让目标公司股权明显偏低是否可以由主管税务机关核定未作明确规定。国税函〔2010〕79号第三条：“ 关于股权转让所得确认和计算问题。企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。”[20]国家税务总局公告2011年第34号第五条，投资企业撤回或减少投资的税务处理。投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回；相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得；其余部分确认为投资资产转让所得。[21]上述两个文件，进一步明确有限公司股权转让的收入确认、可扣除及不可扣除等事项，实务中具有较强的可操作性。

自然人股东转让股权，应当按照《个人所得税法》中关于财产转让税目，适用20%税率计算缴纳个人所得税。针对实践中经常出现的实际交易价格与备案价格不一致的情形，国家税务总局公告2014年第67号第十条，股权转让收入应当按照公平交易原则确定。第十一条，符合下列情形之一的，主管税务机关可以核定股权转让收入:（一）申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的；（二）未按照规定期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；（三）转让方无法提供或拒不提供股权转让收入的有关资料；（四）其他应核定股权转让收入的情形。[22]上述文件要求，个人需要按照公允价格转让股权，在扣除股权原值和必要费用后，缴纳个人所得税。若是明显低价且无正当理由，税务机关可以核定股权转让价格，从而确定应缴纳税费。

合伙企业作为股东进行持股，转让其持有公司股权取得股权转让所得时，根据税总稽便函2018年88号文规定，以及现行个人所得税法规定，合伙企业的投资者为其纳税人，合伙企业转让股权所得，应按照 "先分后税 "原则，按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定合伙企业投资者的应纳税所额，比照 "个体工商户生产经营所得 "项目，适用 5%-35%的超额累进税率征税。[23]此外，国家税务总局于2018年第三季度针对合伙企业发生股权转让行为的自然人个税征收作了明确的政策解读。该政策发布后，各地方政府关于合伙企业转让股权所得的个税问题逐步统一了口径。但同时，该政策的实施致使创投企业税负加重，严重影响到新创公司的投资环境，为此，财政部、税务总局、发展改革委、证监会于2019年1月针对创投企业个人合伙人所得税问题发布财税〔2019〕8号文件，规定创投企业选择按单一投资基金核算的，其个人合伙人从该基金应分得的股权转让所得和股息红利所得，按照20%税率计算缴纳个人所得税。[24]创投业选择按年度所得整体核算的，其个人合伙人应从创投企业取得的所得，按照“经营所得”项目、5%-35%的超额累进税率计算缴纳个人所得税。[25]税法关于合伙企业转让股权所得时应当按照经营所得适用5%-35%税率缴纳个人所得税，税负明显过高，但仍然有很多公司选择使用合伙企业作为股东，其中的优势已经在前文进行分析，此处不再赘述。

（三）典型案例分析

由于税收文件多以财政部和国家税务总局名义对某一涉税事项进行规定，文件数量多、内容广、时效性强。很多投资者由于缺少专业税务律师的指导，往往对文件的理解存在偏差，导致实际发生的结果与预期相差较大，多年经营成果没有得到应有的投资回报，追悔莫及。

【案例】 国家税务总局广州市从化区税务局鳌头税务所丙令限期改正通知书（穗从鳌税限改〔2021〕1号）邓灼标：你（单位）2019年9月转让广东春盛生物科技发展有限公司和广州春盛生物研究院有限公司股权事项的纳税申报，实施了不具有合理商业目的的安排而获取了不当税收利益。根据《中华人民共和国个人所得税法》第八条规定，个人实施其他不具有合理商业目的的安排而获取不当税收利益的，税务机关有权按照合理方法进行纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款，并依法加收利息。请你（单位）自收到本通知书之日起15日内重新办理2019年转让广东春盛生物科技发展有限公司和广州春盛生物研究院有限公司股权事项的纳税申报。[26]

笔者通过公开资料查询得知，本次股权转让是经过提前税务筹划后进行的，主要是想利用税收洼地个人独资企业经营所得核定征收的税务处理方式，个人独资企业对外投资，股权转让时可以按照经营所得，核定应税所得率，从而大大降低股权转让时的个人所得税。

通过对相关公示信息查询及各关联公司的股权结构可以推导出，本次股权转让中的税务筹划主要分为三步：

第二步，邓灼标以平价将以个人名义持股的两家公司股权转让给苏州康路生物科技有限公司

第三步，收购人溢价收购股权，原持有人套现离场，税负核定。

本次股权转让的实质是：药明康德公司看好邓灼标所持有的2家公司发展前景，通过收购其股权达到控制目的，正常情况下药明康德会直接和邓灼标个人签订股权转让协议，直接支付股权转让款给邓灼标，同时从股权转让款中代扣代缴个人所得税。股权转让后，药明康德公司直接持有广东春盛生物科技有限公司和广州春盛生物研究院有限公司的股权。由于药明康德公司看好邓灼标持有的2家公司发展前景，必然会溢价购买。如果直接转让，对于邓灼标而言，会有增值部分20%的个人所得税，税负相对较重。所以就想利用一些优惠政策来降低税负，进而有了在税收洼地来宾市成立可以核定的个人独资企业作为股权转让中间环节，以便更好地利用税收优惠。

本次股权转让存在的问题：三个步骤的操作间隔时间过短，邓灼标设立两个独资企业、两个独资企业又设立苏州康路公司、邓灼标将持有的两个公司的股权转让给苏州康路公司、苏州药明康德公司收购两个独资企业持有的苏州康路公司股权，前后一共2个月时间，两次股权转让，间隔过短，不太符合常理。所以才会被税务机关认定为实施了不符合商业目的的安排而获取了不当税收利益，要求重新进行纳税申报，原本可以按20%税率缴纳个人所得税，因为税务筹划的失败，不仅没有省税，还要按照经营所得35%的税率缴纳个人所得税，损失惨重。

四、结语

近年来，国家为了支持民营经济的发展，实施了多种税收优惠政策，公司在合理运用税收优惠政策、设计股权结构时一定要考虑自身的经营情况，认真掌握税收文件出台的背景，切不可望文生意，防止因为税收优化设计的不规范操作而被税务机关查处补缴税金和滞纳金，严重的甚至还可能面临刑事责任。本文仅分析了有限责任公司不同投资主体在不同阶段的税负，实务中的税负问题通常会更加复杂，如对于新三板公司、上市公司、高新技术企业、非居民企业等不同类型的企业，还存在其他不同的税务规定。同时，纳税人、扣缴义务人、纳税地点、纳税义务发生时间等因素也需要进行综合考虑，最终达到在合法纳税前提下使投资者利益最大化。